Ale poďme späť do hry.... Dostali ste prvú misiu, pri vstupe do alpha kvadrantu treba vybudovať Starbase, a Dithilium rafinériu ktorú potrebujete na získavanie energie z Dithiliových mesiacov. Problém je v tom že máte zo sebou aj Enterprise a tá musí prežiť. Takže si zoberiete dve malé raketky a enterprise a postávíte ich niekam bokom do obranného postavenia. Zatial z Construction shipom postavíte Starbase, ktorá má v sebe stredne výkonné pulzné kannóny, takže vás v pohode obráni pred maličkými neoznačenými loďami ktoré na vás pravidelne útočia. Teda nie žeby tie malé štoplne Enterprise nezvládla ale je lepšie si ju šetriť na koniec misie. Po dokončení Starbase, zoberiete construciton ship a čo najbližšie mesiaca postavíte rafinériu. Stavanie je mimoriadne pekné, construction ship sa otvorí a vypustí malých konštruktérov ktorý postupne pridávajú na rozostavanú plochu ďalšie časti a po dostavaní sa konštruktéri nasáčkujú spať do lode. Rafinéria má jednu svoju ťažobnú loď ktorú si automaticky posiela k mesiacu. Ak chcete rýchelšie dostať viac energie je dobré postaviť v Starbase ešte jednu tažobnú loď. Pri stavbe lodí a budov, je vždy napísané koľko ktorá stavba potrebuje energie, ľudi a veľitelov... energiu ťažíte a ľudí a veliteľov vám pridáva Starbase. 

Po dostavaní Starbase, a Rafinérie a zničení pár nepodarených malých lodičiek sa vám začína príbeh... na druhej strane sektoru sa otovrí časová brána a vyjde z nej loď federácie prenasledovaná dvomi Borgskými sférami.Musíte rýchlo zobrať enterprise a svoje dve malé loďky a upaľovať k nim.... po tažkom boji zničíte Borgov a od lode federácie sa dozvedáte zaujmavé veci. Ľod je z budúcnosti, temnej budúcnosti v ktorej je alfa kvadrant mŕtvy a ovládaný Borgami ktorí sa momentálne približujú z druhej stranky galaxie...  musíte zastaviť borgov a zachrániť alfa kvadrant.

Ešte pár vecí k hre, okrem stavania budov, ako sú prístav na lode, rôzne raketové delá, puzné delá na ochranu vašich budov, konštrukčnú budovu kde budete stavať bojové lode, máte aj teleport, ktorým môžete dopĺňať posádku jednotlivých lodí.. pretože po boji mohli niektorí zahynúť a potom sa loď stáva neovládatelná alebo má menšiu palobnú silu.... zvyčajne sa dopĺňajú ľudia zo Starbase, ale môžete robiť presuny medzi loďami. A taktisto môžete ludí presunúť napr mezdi vašou loďou a nepriateľskou, a boj vo vesmíre presunúť na palubu... ak vaši ľudia nepriateľov prebijú ľod je vaša a pridá sa ku vám....