Aktuálna novinka sa podobne ako jej predchodcovia odohráva vo futuristickom, pretechnizovanom prostredí, v počítačmi zamorenom svete, ktorého bežnou súčasťou sú vyspelé stroje a podporné implantáty. Nejedná sa však o pokračovanie, ale samostatnú hru so svojským príbehom a pravidlami.  Hlavný hrdina, alebo hrdinka Alex D (meno bolo zvolené tak, že sa hodí pre muža aj ženu)je súčasťou anti-teroristickej školy pod názvom Tarsuská akadémia. Po tom, čo nekalé živly zničili Chicago, je premiestnený do Seattle. Hra začína vo chvíli, keď Alex precitne v apartmáne, ktorý je súčasťou vedeckého strediska a pokúša sa o útek pred teroristickými jednotkami, ktorí úspešne napadli základňu. S pomocou hŕstky vedcov a členov ochranky musí uniknúť z nebezpečnej zóny, aby následne rozhodol o tom, ako sa bude vyvíjať jeho ďalší osud. Má zostať verný vedeckotechnickej spoločnosti (WTO), alebo sa pridá k duchovnej sekte (ORDER), ktorá odcudzuje jeho zamestnávateľa za neetické pokusy a údajné zločiny? Alebo sú tou správnou voľbou Templárski rytieri (Knights Templars)? Možno je vhodné spojiť sa s obchodnou skupinou Omar? Výber záleží len na vás, dokonca môžete vyskúšať všetky možnosti a rozhodnúť sa pre konkrétnu skupinu až neskôr. Ale netreba zabúdať na to, že vaše činy nezostanú bez odozvy. Počas pobytu v postapokalyptickom svete sa ocitnete na mnohých zaujímavých miestach a prebrázdite niekoľko zaujímavých lokácií. Najprv sa podrobnejšie zoznámite s domovským Seattle, potom navštívite tajuplnú pyramídu v Cairo, ocitnete sa opustenej základni v studenej Antarktíde a mrknete sa aj do nemeckého mesta Trier.   Niekedy pri plnení úloh budete stáť pred neľahkým rozhodnutím, komu vyhovieť, pretože dostanete viacero protichodných ponúk. A ak jedným urobíte po vôli, druhých si rozhneváte, pričom nie vždy sa dá jednoznačne posúdiť, kto je dobrý a kto zlý.

Keďže je hra mixom akcie a RPGéčky čakajte značne rozsiahle menu a inventár. Vaša postava má pri sebe užitočný DATAPAD, kde sa zapisujú aktuálne a splnené úlohy, ukladajú prístupové karty a kódy, a zaznamenávajú obrazové data a mapy.  Bežné predmety sú uložené v prehľadnom, ale malom inventári. Čoskoro zistíte, že dvanásť okienok na zbrane, liečivá, hackovacie prístroje a ďalšie nájdené veci je trochu málo. Našťastie tento nedostatok môžete upraviť pomocou implantátov. V Deus Ex sa nazývajú BIOMÓDY a vďaka nim sa dá hrdina všestranne zdokonaliť. Delia sa do piatich skupín, podľa ich umiestnenia a obsahujú vždy po tri unikátne vylepšenia, s niekoľkými úrovňami.

EYE BIOMOD.

Miestom implantácie sú oči . Obsahuje vylepšenia:

REGENERATION - umožňuje liečenie

VISION ENHANCEMENT - pridávajúce nočné videnie

SPY DRONE - špionážna kamera s EMP výbuchom pri vyradení

CRANIAL BIOMOD.

Oblasťou pre implantáty je hlava. Obsahuje vylepšenia:

CLOAK - vytvorí ochrannú clonu a ukryje pred živými organizmami

HAZARD DRONE - je zabezpečenie proti radiácii, toxínom a ďalším škodlivým zložkám

NEURAL INTERFACE - z vás urobí úspešného hackera

SKELETAL BIOMOD.

Cieľovou oblasťou je telo a obsahuje vylepšenia:

THERMAL MASK - vytvorí ochrannú clonu a ukryje pred botmi a mechanickými jednotkami

AGRESIVE DEFENSE DRONE - likviduje rakety a granáty skôr, ako vás stihnú zasiahnuť

ELECTROSTATIC DISCHARGE - k útoku na krátku vzdialenosť pridáva EMP vlnu

ARM BIOMOD.

Umiestňuje sa do paží. Zahrňuje nasledovné vylepšenia:

BOT DOMINATION - umožní ovládať botov, bezpečnostné kamery a obranné veže

STRENGTH ENHANCEMENT - zvyšuje útočnú silu v boji nablízko a kapacitu inventáru

BIOTOCH ATTACK DRONE - útočí na nepriateľov jedovatými šípkami

LEG BIOMOD.

Miestom pre implantát sú nohy. Patria sem vylepšenia:

SPEED ENHANCEMENT - zrýchli pohyb a zvýši výšku skoku

MOVE SILENT - znamená tichý krok a nehlučný pohyb

HEALT LEECH BIOMOD - vysáva zbytky života z mŕtvych tiel a dopĺňa zdravie